De nieuwe tekst over de Joden is tijdens de eerste helft van 1964 onderwerp van intens getouwtrek. Uiteindelijk krijgen de Concilievaders op 7 juli een afgezwakte verklaring toegestuurd. Tijdens de 3e zittijd zullen de meeste Concilievaders vragen dat de sterke verklaring in ere hersteld wordt. 

Politieke bezwaren en anti-Joodse wortels 

De tekst over de Joden is één van de meest besproken en gewijzigde teksten van het Concilie. Een overzicht van de posities.

• Johannes XXIII vraagt aan kardinaal Bea van het Secretariaat voor de eenheid om een tekst over de Joden voor te bereiden. In het licht van de recente Holocaust moet die komaf maken met de religieuze wortels van het antisemitisme. Hoewel de Holocaust vele niet-religieuze oorzaken heeft, is het christendom niet vrij van anti-Joodse gedachten en sentiment. Centraal daarin staat de gedachte van godsmoord, deicidium: de verantwoordelijkheid van de joden voor de moord op Christus, de Zoon van God. De oorspronkelijke intentie is om expliciet en sterk te verklaren dat de Joden toen en nu geen schuld dragen aan godsmoord.
• Oosterse bisschoppen en patriarchen zijn hevig gekant tegen een rehabilitatie van de Joden. Arabische regeringen maken duidelijk dat die begrepen zal worden als een eerste stap in de richting van erkenning van de staat Israël door het Vaticaan. Terwijl Israël op voet van oorlog leeft met zijn Arabische buurlanden. De Oosterse bisschoppen vrezen represailles tegen de christelijke minderheid in die landen. Er zijn dus politieke argumenten om de sterke verklaring af te zwakken, te veralgemenen (veroordeling van alle discriminatie) en om ze uit te breiden van de Joden naar alle niet-christelijke religies. 
• De politieke argumenten tegen de verklaring worden echter ook onderschreven door een minderheid van Concilievaders met andere motieven. Zij wil niet breken met de anti-Joodse traditie in het christendom die de Joden wel degelijk verantwoordelijk acht voor de moord op Christus. En die in het voortbestaan van het jodendom een volharding in de boosheid ziet. Zij zal aandringen op vermelding in de tekst van de noodzaak tot bekering van de joden. Of toch minstens op een welwillender houding tegenover de christenen.
• Mogelijke theologische bezwaren tegen de verklaring worden bovendien gevoed door antisemitische propaganda in de marge van het Concilie. Pamfletten en boeken verdedigen het recht en de plicht van katholieken om zich te verdedigen tegen Joodse agressie en complotten tegen de Kerk van joden en vrijmetselaars. Argumenten die niet fundamenteel verschillen van anti-Joodse propaganda uit de jaren 30. Soms geschreven door dezelfde auteurs. 

Paus zwakt verklaring over Joden af

Op suggestie van Paulus VI wordt de expliciete verwijzing naar godsmoord geschrapt en vervangen door de formulering:

Er moet bovendien op gelet worden, dat aan de Joden van onze tijd niet toegerekend wordt wat Christus in zijn lijden destijds is aangedaan.
Caveant praeterea ne Iudaeis nostrorum temporum quae in Passione Christi perpetrata sunt imputentur. A.S. V, II, p.645.

Hij voegt ook een verwijzing toe naar de hoop op bekering van Israël. De wijzigingen zijn geïnspireerd door argumenten van Ciappi en Browne. Zij verwijzen daarbij niet naar mogelijke politieke gevolgen, maar naar continuïteit met de anti-Joodse christelijke traditie. 

De wijzigingen lekken naar de pers en worden breed uitgesmeerd in de Amerikaanse kranten. Een storm van publiek protest breekt los. Vooral in de Joodse en protestantse gemeenschappen in de VS. Smulders schrijft in zijn Conciliedagboek: Joden verbolgen over verzwakte redactie van tekst over de Joden.

Ondanks de publieke druk wordt de afgezwakte tekst naar de Concilievaders gestuurd. Op 25 september stelt kardinaal Bea deze tekst voor in de Concilieaula. Met een pleidooi om de sterke verklaring in ere te herstellen. 

Na het debat tijdens de 3e zittijd verschijnt deicidium weer in de tekst. Om weer geschrapt te worden tussen de 3e en 4e zittijd.

De finale Verklaring over de niet-christelijke godsdiensten luidt vrij gelijkaardig aan de formulering van de paus:

...toch mag wat tijdens Zijn lijden is misdreven niet alle Joden van die tijd zonder onderscheid en evenmin de Joden van onze tijd worden aangerekend.
...tamen ea quae in passione Eius perpetrata sunt nec omnibus indistincte Iudaeis tunc viventibus, nec Iudaeis hodiernis imputari possunt. Nostra Aetate, 4.